2)기리스탄의 핍박 -

가고시마에서 십수개월 지내는 동안 많은 열매를 거두었지만 불교의 반발을 받은 영주 시미즈는 기독교에 대해 냉담한 태도로 마음이 완악하게 되었다. 핍박 때문에 폴투칼 선박이 가고시마에 들어오지 않고 히라도라는 항구에 입항하게 된 것을 알게 된 영주는 선교사를 보호한다고 해서 자기의 상업적 꿈이 달성 되지 않는다는 것을 알고는 오히려 기독교를 박해하게 되었던 것이다. 핍박가운데서도 재비에르 신부는 이곳 저곳으로 피해 다니던 중에 야마구찌 하기라는 곳에서 계속 선교활을 하게 되었다.

그곳에서 두달 동안 체제하면서 5,6백명의 사람들이 세례를 베푸는 기쁨도 맛보게 되었다. 야마구찌에서는 박해의 위협가운데서도 교세가 확장되어 1556년도에는 2천명이 기독교 도시로 양적으로 부흥하게 되었던 것이다. 당시에 대도사라는 버려진 절을 인수 받아서 교회를 새운 것으로 유명하다.

1596년 7월 에스파니아의 무역선이 토사해안에 표류하게 되었다. 이 배를 일본의 한 관리가 체포하자 선원들은 에스파니아 지도를 보이면서 곧 일본을 점령하겠다고 위협하였다. 이러한 사건의 전말을 전해들은 도요도미히데요(풍신수길)는 격분하여 일본 국내에 잇는 에스파니아인 선교사들을 체포하라고 명을 내렸다. 이때 세례 신자를 포함한 26명이 체포되어 교오토에서부터 나가사끼로 호송하되었다. 1596년 12월 프란시스코회 신부 6명을 비롯하여 신자 17명과 예수회 일원인 일본인 수사 등 26명을 적국에 구경거리로 끌고 다니다가, 1597년 2월 5일 나가사끼에서 십자가에 철사로 매어달고 창으로 찔러 죽였다. 이것이 소위 다찌야마언덕에서의 26성인 대순교 사건이 된것이다.